从1991年至2004年这14年，是新昌中学创造辉煌业绩的14年。在此前多年稳定发展的坚实基础上，全校教职工同心同德，默默奉献，与时俱进，开拓创新，在新昌中学的发展史上，写下了流光溢彩的绚丽篇章。其间，张岳明首倡改革，并创设浙江省青少年发明创造学校，竞争氛围初步形成，特色教育开始彰显；陈国阳主持实施在新世纪闪光工程，德育工作名闻遐迩，教学成果丰硕惊人；王力红主持构建创新教育体系，管理与科研，再攀高峰；教育和教学，频创奇迹，其成果之辉煌，与2000年完成搬迁后的新校园之美丽，融成教育领域一道独特的风景线，赢得了社会各界的广泛赞誉。

　　1991年9月3日，绍兴市教委发文表彰新昌中学开展小发明小创造活动及其显著成绩，并“要求全市中小学校向新昌中学学习”。11月29日，浙江省教委同意在新昌中学创设“浙江省青少年创造发明学校”。

　　1992年4月，学校经省教委推荐，入选为中国名校之一。7月，吴励勇获绍兴市高考理科总分第1名。

　　1993年1月8日，新昌中学发明协会的学生发明作品“两用柔性栏架”在北京钓鱼台国宾馆通过国家部级鉴定。7月，王胜斌获绍兴市高考文科总分第1名。

　　1994年3月，成立“在新世纪闪光”教育工程领导小组，并制订“在新世纪闪光”德育工程的具体实施方案。4月，设立新昌中学教育奖励基金会。

　　1995年2月，学校获浙江省委宣传部授予的浙江省首届思想政治工作创新奖一等奖。7月，时任校长陈国阳因主持实施新昌中学“在新世纪闪光”德育工程而获《半月谈》杂志社颁发的全国半月谈思想政治工作创新奖特等奖。7月，赵少斌获绍兴市高考理科总分第1名、全省第3名。9月，陈国阳被国家教委评为全国教育系统劳动模范。11月9日，学校被浙江省教委命名为首批特色高中之一。

　　1996年4月，陈国阳获政府特殊津贴。7月，王国春获浙江省高考理科总分第1名。

　　1997年11月，中共新昌中学支部改建为中共新昌中学总支部，时任校长王力红兼任党总支书记。中国教育电视台推出了长达5分钟的反映新昌中学办学经验与成果的专题片《他们将在新世纪闪光——浙江省新昌中学注重素质教育》，介绍了新昌中学办学的两大特色——德育教育与创造发明教育。

　　1998年7月，新昌县委县政府决定迁建新昌中学。浙江赛丽丝绸有限公司董事长俞更生校友捐资在新昌中学设“俞氏奖学金”。3月26日，《浙江青年报》对吴小燕同学的“病魔吓不倒、贫困压不倒、学习难不倒”的“三不倒”先进事迹作了专题报道。1998年7月，俞彬获绍兴市高考理科总分第1名、全省第7名。9月，石世昌被浙江省人民政府评为特级教师，黄林被国家教育部评为全国优秀教师。11月1日，由时任校长王力红主持的“新昌中学劳技教育和创造教育有机结合的实践与研究”教学成果在杭州通过国家级鉴定。

　　1999年7月9日，《光明日报》在头版与二版刊登了介绍新昌中学实施创造教育的长篇报道——《让每个学生走向成功》。8月14日，时任中共浙江省委书记张德江视察新昌中学，并为学校题词：“坚持素质教育，培养创新人才”。9月21日至24日，由新昌中学承办的全国少创委第三次代表大会在白云山庄召开。11月，由时任校长王力红主持完成的一项研究成果，获浙江省人民政府颁发的首届基础教育教学研究成果一等奖。

　　2000年4月29日至5月13日，完成了新昌中学建校以来的第9次搬迁。7月，学校被教育部评为全国中小学德育工作先进集体。贝锋锋获绍兴市高考理科总分第1名、全省第6名，俞尧获绍兴市高考理科总分第3名。8月，著名教育家吕型伟校友捐资在新昌中学设“吕型伟英才奖”。9月，浙江医药股份有限公司董事长金彪、副董事长李春波捐资在新昌中学设“金波奖学金”。

　　2001年2月6日，“不比阔气比志气，不比聪明比勤奋，不比基础比进步”被确定为新昌中学校训。6月，学校被浙江省教育厅命名为浙江省一级重点中学。

　　2002年7月，7人进入全省高考文理科总分前100名，其中周怡获绍兴市理科总分第2名、全省第9名。8月5日，教育家吕型伟校友来校颁发第三届“吕型伟英才奖”，并为获奖学生题词：“科学没有止境，真理没有顶峰，权威没有绝对。祝你们永远记住‘三比三不比’的校训，永不停步。” 9月，吕吉尔被浙江省人民政府评为特级教师。

　　2003年1月27日，原中共中央政治局常委尉健行校友回访母校新昌中学。2月，学校获中央精神文明建设指导委员会授予的“全国精神文明建设工作先进单位”称号。7月，5人进入全省高考文理科总分前50名。

　　2004年4月29日至30日，学校成功承办浙江省第十八届青少年科技创新大赛。6月，高考文科成绩特别突出，其中6人进入全省高考文科总分前50名，8人进入前100名，19人进入前200名。9月，黄林被国家教育部评为全国模范教师。